Oltre alle mutazioni che avvengono sulle basi del DNA esistono le mutazioni che avvengono a livello dei cromosomi, quindi alterazioni ben più gravi delle precedenti. I cromosomi sono gli avvolgimenti e i vari ripiegamenti compatti delle molecole di DNA all'interno del nucleo cellulare. I cromosomi si possono vedere con il microscopio ottico solamente prima o durante la divisione cellulare.