La ricerca molecolare permette di valutare la presenza del genoma dei microrganismi con una sensibilità e affidabilità molto superiore alle metodiche di microbiologia classica. Ad oggi, per la rilevazione dei microrganismi patogeni, accanto alle metodiche tradizionali come l’esame colturale generale, sono disponibili tecniche di amplificazione molecolare che hanno assunto un ruolo determinante. Con questo tipo di tecnica non è possibile eseguire l’antibiogramma.