Un'intolleranza alimentare è una reazione avversa dell'organismo verso determinati cibi. A differenza di quanto avviene nelle allergie alimentari, questa reazione non dipende dall'attivazione anomala del sistema immunitario con i suoi anticorpi; inoltre, è meno severa, si manifesta gradualmente ed è proporzionale alla quantità dell'alimento che viene ingerita (quasi come se l'organismo si "intossicasse"). 

Possiamo quindi considerare un'intolleranza alimentare come un malessere scatenato dall'ingestione di particolari cibi, anche di uso comune, come ad esempio il grano, i latticini e le uova. Esistono diverse tipologie di intolleranze alimentari. Quelle enzimatiche sono determinate dall'incapacità di metabolizzare alcune componenti dei prodotti alimentari. La più comune intolleranza enzimatica è quella al lattosio contenuto nel latte; un altro esempio di intolleranza dovuta alla carenza di un enzima è rappresentato dal favismo.

Le intolleranze possono manifestarsi anche per la presenza in alcuni cibi di sostanze ad attività farmacologica (o che vengono prodotte dall'intestino a partire dagli stessi), come le amine vasoattive (es. istamina e tiramina), la caffeina e l'alcol etilico. Anche gli additivi alimentari (esaltatori di sapidità, dolcificanti, conservanti ecc.) sono spesso coinvolti. Probabilmente, esiste una predisposizione alle intolleranze trasmessa per via ereditaria, tuttavia possono contribuire anche altri fattori, come malattie, stress, dieta squilibrata e alterazioni della flora batterica intestinale.

Le intolleranze alimentari possono causare vari disturbi ricorrenti e persistenti, soprattutto a livello gastrointestinale, dermatologico o respiratorio. A differenza delle allergie, i sintomi non si manifestano violentemente subito dopo l'ingestione degli alimenti, ma possono insorgere col tempo. Per quanto riguarda il sistema digerente, possono insorgere gonfiore addominale, flatulenza, afte, inappetenza o appetito eccessivo, nausea, stipsi o diarrea e digestione prolungata o difficile. Inoltre, le intolleranze alimentari possono provocare ritenzione idrica, improvvisi cambiamenti di peso, iperacidità, gastrite, sindrome dell'intestino irritabile o colite.

Tra le manifestazioni respiratorie delle intolleranze alimentari si rilevano raffreddori e altre infezioni ricorrenti delle vie aeree. Dal punto di vista dermatologico, possono insorgere dermatiti, orticaria, acne e altre eruzioni cutanee. Inoltre, possono manifestarsi capogiri, mal di testa, sonnolenza, stanchezza cronica, ansia, insonnia e forme lievi di depressione. Nel caso delle intolleranze alimentari occorre eliminare per qualche mese, sotto controllo medico, i cibi responsabili del disturbo, sostituendoli con altri capaci di soddisfare le esigenze nutrizionali dell'organismo. Dopo il periodo di astinenza, si può provare a reintrodurre gradualmente questi alimenti nella dieta.