Virus, batteri e/o parassiti possono causare gastroenterite, un'infiammazione del tratto gastrointestinale che colpisce sia lo stomaco che l'intestino. Le infezioni gastrointestinali sono autolimitanti e persistono per alcuni giorni. La gastroenterite può essere potenzialmente grave. Pertanto, una diagnosi rapida, un trattamento adeguato e farmaci per il controllo delle infezioni sono particolarmente importanti in questi contesti.

Gastrointestinal Panel II è un test PCR di biologia molecolare per il rilevamento del DNA di batteri virus e parassiti:

• Salmonella
• Campylobacter
• Shigella
• Aeromonas
• Escherichia col enteroinvasiva (EIEC)
• Yersinia enterocolitica
• Escherichia coli enterohemorragica (EHEC), Escherichia coli produttore della toxina Shiga (STEC)
• Escherichia coli enteropatogenica (EPEC), Shigella dysenteriae tipo 1
• Clostridium difficile
• Clostridium difficile Toxin B. Cryptosporidium
• Giardia lamblia
• Entamoeba histolytica
• Blastocystis hominis 
• Dientamoeba fragilis

Utile in molti casi di pazienti con segni e sintomi di infezione gastrointestinale, il test facilita la diagnosi di infezioni di tutti i potenziali patogeni elencati, in combinazione con fattori clinici ed epidemiologici.

• La Salmonella causa i seguenti tipi di malattie: febbre enterica (tifoidea) e gastroenterite acuta, comunemente chiamata salmonellosi. La trasmissione della Salmonella avviene attraverso alimenti contaminati (carne e o prodotti a base di carne di maiale, pollame, cereali, uova, latte e marisco) e acqua, attraverso il contatto con animali infetti. I pazienti infetti da Salmonella soffrono frequentemente di nausea, vomito, dolori addominali, dolori muscolari, febbre, diarrea grave.
• Le specie di Campylobacter più comunemente associate agli ambienti umani sono C. jejuni e C. coli. Gli uccelli da cortile sono la principale fonte di trasmissione di Campylobacter all'uomo. Altri fattori di rischio includono il consumo di prodotti di origine animale e acqua, il contatto con gli animali e la trasmissione interumana (tramite oro-fecale o vomito). L'infezione da Campylobacter può causare una gastroenterite caratterizzata da febbre, vomito, mal di testa e dolori addominali con diarrea acuta o presenza di sangue, della durata di 6 giorni.
• La Shigella è un tipo di dissenteria bacillare caratterizzata da diarrea grave con presenza di sangue e muco. La malattia è causata da una qualsiasi delle quattro specie di Shigella o da Escherichia coli enteroinvasivo (EIEC). Distinguere la Shigella dall'Escherichia coli enteroinvasivo è complicato dalla loro capacità di causare dissenteria utilizzando lo stesso metodo di invasione. La Shigella è una causa significativa di malattie trasmesse da alimenti, soprattutto negli alimenti che richiedono lavorazione e/o sono preparati da alimenti crudi o precedentemente cotti senza riscaldamento.
• Aeromonas e Yersinia enterocolitica sono responsabili di un'ampia gamma di manifestazioni cliniche in tutto il mondo. 
  La Yersinia enterocolitica si trasmette attraverso alimenti contaminati, causando una varietà di sintomi come nausea, vomito, dolore addominale, diarrea e febbre. La malattia è nota come yersiniosi e può variare dalla gastroenterite alla setticemia. Tuttavia, la gastroenterite causata da Aeromonas è caratterizzata da tre tipi distinti: diarrea acquosa, diarrea cronica o diarrea mucosa e sanguinolenta. Ognuna di queste tre può portare a meningite o setticemia. Tuttavia, nel caso di Aeromonas, questa non è l'unica malattia che causa, poiché può infettare anche attraverso le ferite, causando cellulite, mionecrosi o ulcere, tra gli altri sintomi. Inoltre, Aeromonas trova i suoi serbatoi in pesci e invertebrati sia in acqua dolce che salata, che rappresentano le sue principali vie di trasmissione. Nel frattempo, per quanto riguarda la Yersinia enterocolitica, ci sono prove che gli alimenti di origine animale (in particolare carne di maiale o latticini) siano responsabili delle infezioni umane.
• L'Escherichia coli (E. coli) è un microrganismo Gram-negativo che può essere un residente innocuo del tratto gastrointestinale, ma può anche causare malattie enteriche ed extraintestinali, come infezioni del tratto urinario (IVU), sepsi e meningite. I ceppi patogeni di E. coli (patovar o patotipi) causano significativa morbilità e mortalità in tutto il mondo perché hanno basse dosi infettive e sono trasmessi attraverso mezzi ubiquitari, come cibo e acqua. Tra i ceppi che causano malattie diarroiche, sono riconosciuti sei patotipi: E. coli enteroemorragico (EHEC), E. coli enterotossigeno (ETEC), E. coli enteroinvasivo (EIEC), E. coli enteropatogeno (EPEC), E. coli enteroaggregativo (EAggEC) ed E. coli diffusamente aderente (DAEC). Inoltre, diversi ceppi di E. coll possono appartenere a più di un patotipo a causa dell'espressione di diversi fattori di virulenza.
  L'Escherichia coli enteroemorragico (EHEC) è un sottogruppo di Escherichia coli produttore di tossina Shiga (STEC), noto anche come Escherichia coli produttore di verotossina. Gli STEC sono un gruppo eterogeneo di patogeni di origine alimentare che causano un ampio spettro di malattie umane, che vanno dalla diarrea lieve a gravi patologie umane. Tra queste, la colite emorragica e la sindrome emolitico-uremica.
  I ceppi STEC ed EHEC possono essere trasmessi all'uomo attraverso: contatto diretto da persona a persona: consumo di carne cruda o poco cotta, latte crudo e altri latticini; ingestione di altri alimenti o acqua potabile contaminati da feci animali; contatto diretto con bestiame domestico e altri ruminanti, riconosciuti come il serbatoio primario di questi ceppi; e acqua contaminata per il bagno/ricreativa.
  Anche l'Escherichia coli enteropatogeno (EPEC) è una delle principali cause di diarrea infantile potenzialmente letale nei paesi in via di sviluppo, spesso accompagnata da febbre, vomito e disidratazione nei bambini di età inferiore ai 2 anni. Si trasmette per via oro-fecale attraverso superfici contaminate, latte artificiale per lo svezzamento e portatori umani.
  L'Escherichia coli enterotossigeno (ETEC) colonizza la superficie mucosa dell'intestino tenue e induce diarrea acquosa secernendo enterotossine termolabili (LT) e/o termostabili (ST). Queste enterotossine inibiscono l'assorbimento del sodio e stimolano la secrezione di cloruro, causando diarrea acquosa. Possono verificarsi contemporaneamente crampi addominali, talvolta accompagnati da nausea e mal di testa, ma solitamente non da febbre. L'ETEC è la causa più importante di diarrea del viaggiatore in tutto il mondo ed è endemica nella maggior parte dei paesi in via di sviluppo, con tassi di mortalità significativi nei bambini. Le infezioni da ETEC si trasmettono anche per via oro-fecale, quando una persona ingerisce cibo o acqua contaminati.
  Gli Escherichia coli enteroinvasivi(EIEC) e Shigella causano vari gradi di dissenteria. Questa infezione è caratterizzata da febbre, crampi addominali e diarrea con sangue e muco visibili. Gravi complicazioni della shigellosi sono spesso associate a Shigella. Al contrario, l'EIEC può causare colite infiammatoria invasiva e, occasionalmente, dissenteria, ma nella maggior parte dei casi, l'EIEC causa diarrea acquosa che è indistinguibile da quella dovuta all'infezione da altri ceppi patogeni di E. coli. La trasmissione convenzionale di ELEC e Shigella avviene per via oro-fecale, principalmente attraverso cibo o acqua contaminati, oppure tramite diffusione diretta da persona a persona.
• Clostridium difficile. Inizialmente è stato descritto come parte del microbiota commensale dei neonati. Tuttavia, è stato successivamente identificato come agente causale della diarrea associata ad antibiotici (AAD) e la sua infezione è associata ad elevata morbilità e mortalità negli anziani.
  I principali fattori di rischio per lo sviluppo di infezioni da Clostridium difficile sono l'esposizione ad antibiotici ad ampio spettro, il ricovero ospedaliero e l'età avanzata. La gravità di questa infezione varia da diarrea lieve e colite pseudomembranosa a megacolon tossico, perforazione del colon e occasionalmente sepsi e persino la morte. Le principali vie di trasmissione sono la via oro-fecale o gli aerosol. Infatti, le persone infette che presentano diarrea acuta possono causare un'ampia contaminazione dell'ambiente attraverso le spore, che possono persistere nella polvere o sulle superfici per mesi ed essere ritrasmesse ad altri pazienti ospedalizzati o al personale sanitario. Clostridium difficile può colonizzare l'intestino, replicarsi e, soprattutto i ceppi tossigeni, può produrre enterotossina A e citotossina B se i geni che le codificano sono presenti. Il Cryptosporidium può essere trasmesso attraverso diverse vie: contatto interpersonale e contatto con animali domestici e/o da allevamento, nonché ingestione di cibo, acqua potabile e acqua per uso ricreativo contaminati. Il Cryptosporidium può essere presente in modo asintomatico o causare diarrea e disturbi addominali con perdita di peso e malassorbimento. 
• L'infezione da Giardia lamblia avviene per trasmissione oro-fecale, sia tramite contatto diretto che tramite ingestione di cibo o acqua contaminati. La diarrea è il sintomo principale di questa malattia, ma le manifestazioni cliniche variano, spaziando da infezioni asintomatiche a diarrea acuta, crampi addominali, gonfiore e flatulenza, spesso accompagnati da nausea e perdita di peso. 
• La malattia trasmessa da Entamoeba histolytica si diffonde principalmente attraverso acqua o cibo contaminati da cisti, ma può anche essere trasmessa da persona a persona per via oro-fecale. Le caratteristiche cliniche dell'amebiasi vanno dalla colonizzazione asintomatica (90% dei casi) alla dissenteria amebica (dolore di stomaco, nausea o vomito, grave diarrea emorragica e febbre) o alla malattia invasiva extraintestinale, più comunemente sotto forma di ascessi epatici.
• Blastocystis è un protozoo enterico. La sua patogenicità è fonte di controversia a causa dei suoi sintomi aspecifici, come dolore addominale, nausea, vomito, anoressia, flatulenza, gonfiore, perdita di peso, orticaria e diarrea acuta o cronica. Infatti, studi recenti hanno dimostrato che la colonizzazione da Blastocystis è associata alla normale flora microbica e non alla flora anomala caratteristica di malattie come la sindrome dell'intestino irritabile. Ciononostante, l'infezione da Blastocystis si riscontra principalmente in pazienti affetti da questa malattia o immunocompromessi.
• Dientamoeba fragilis è in realtà un protozoo parassita. È generalmente associata a malattie gastrointestinali in tutto il mondo. Causa sintomi come diarrea, dolore addominale o feci molli. Inoltre, il suo metodo di trasmissione è sconosciuto.

Il GASTROINTESTINAL PANEL TEST PCR in tempo reale ha una grande sensibilità e specificità che lo rende un'alternativa interessante ai tradizionali metodi di rilevazione di questi patogeni, con risposte rapide e sicure.

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